Salah satu program unggulan SMP Batik Program Khusus Surakarta adalah pembimbingan individu kepada siswa siswi yang belum bisa membaca Al Qur’an. Kompetensi membaca Al Qur’an merupakan hal utama dalam pendidikan di SMP Batik Program Khusus Surakarta.
Program pembimbingan tersebut dikhususkan bagi siswa siswi kelas 7. Dilaksanakan setiap pagi hari sebelum kegiatan belajar mengajar. Ditargetkan pada tahun pertama siswa siswi kelas 7 tersebut sudah dapat membaca Al Qur’an dengan baik dan benar. Sehingga pada tahun berikutnya dapat melanjutkan ke kompetensi berikutnya yaitu tahfidzul Qur’an.
Selain pembimbingan individu, kompetensi membaca AL Qur’an juga merupakan bagian dari kurikulum SMP Batik Program Khusus Surakarta.